2016自然指數(shù)排行榜是根據(jù)各國(guó)或各科研機(jī)構(gòu)發(fā)表的高質(zhì)量科研論文的數(shù)量以及每篇論文相對(duì)貢獻(xiàn)值等計(jì)算方法，最終推出。排行榜中不僅有世界各綜合科研機(jī)構(gòu)的排名、國(guó)家的排名、大學(xué)的排名，還有細(xì)分到各專業(yè)領(lǐng)域的排名，以及合作最多的科研機(jī)構(gòu)排名等。

　　在全球科研機(jī)構(gòu)排名中，中科院以1357.82分蟬聯(lián)榜首，美國(guó)哈佛大學(xué)(772.33分)排名第二位，法國(guó)國(guó)家科研中心(CNRS)排名第三。

　　在全球大學(xué)的排名中，哈佛大學(xué)、斯坦福大學(xué)和東京大學(xué)位居前三，北京大學(xué)排在第11位，在中國(guó)學(xué)府中排位最高。中國(guó)高校躋身前50名的還有南京大學(xué)(20)、清華大學(xué)(24)、中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)(26)、浙江大學(xué)(37)、復(fù)旦大學(xué)(38)和南開大學(xué)(50)。在企業(yè)機(jī)構(gòu)排名中，美國(guó)IBM第一，瑞士?jī)纱笾扑幘揞^羅氏和諾華分列二、三位。中國(guó)華大基因排第12位，在中國(guó)企業(yè)中領(lǐng)跑。

　　在《自然》列出的四大核心學(xué)科排名中，中科院在物理、化學(xué)、地球與環(huán)境科學(xué)3個(gè)專業(yè)排名全球第一。但在生命科學(xué)領(lǐng)域，中國(guó)科研機(jī)構(gòu)排名普遍較低，除中科院位居第九外，沒(méi)有其他機(jī)構(gòu)躋身前50位。

　　自然指數(shù)相關(guān)負(fù)責(zé)人認(rèn)為，自然指數(shù)為分析高質(zhì)量的科研產(chǎn)出帶來(lái)了一種簡(jiǎn)明易懂的方法，是對(duì)科研界現(xiàn)有衡量標(biāo)準(zhǔn)和評(píng)估工具的一個(gè)補(bǔ)充，其為科研機(jī)構(gòu)、政策制定者、科研分析人員、商業(yè)機(jī)構(gòu)提供一種針對(duì)高質(zhì)量科研產(chǎn)出的觀點(diǎn)，同時(shí)闡明高質(zhì)量科研產(chǎn)出和科研合作模式逐步變動(dòng)的趨勢(shì)。